Hayvan hastanelerinde karantina bölümleri, hastalıklı veya bulaşıcı hastalık taşıyan hayvanların diğer hayvanlardan izole edilerek tedavi edilmesi için oluşturulur. Bu bölümler, veteriner hekimler tarafından yönetilir ve hayvanların tedavileri sırasında diğer hayvanlara bulaşmasını önlemek amacıyla tasarlanmıştır.
Karantina bölümlerinde, hayvanların belirli bir süre boyunca gözlem altında tutulması ve test edilmesi gerekebilir. Bu süre boyunca hayvanların diğer hayvanlarla teması sınırlandırılır ve gerekli tedaviler yapılır. Bu şekilde, bulaşıcı hastalıkların diğer hayvanlara yayılması engellenir ve hastalıklı hayvanların sağlığı korunarak iyileşmeleri sağlanır.